Monday, February 6, 2012

Different DNA

"Most eukaryotic chromosomes include packaging proteins which, aided by chaperone proteins, bind to and condense the DNA molecule to prevent it from becoming an unmanageable tangle."

However there is a phase in cellular mitosis (division) when, before replication, chromosomes need to be unpackaged.

How do they manage to remain a "manageable tangle" during that period?

BTW there is another thing i don't understand in this video that shows a strand already unpackaged being processed by the enzymes helicase/polymerase to create two strands. Where it comes from the "material" added by the polymerase to create the second strand?

Can a packed chromosome perform the same function like transmitting information to ribosomes on how to build protein as an unpacked one? How fragment copies of DNA pass that "scaffolding" (image below)?

According to current theories, human chromosomes' "double stranded helicoidal DNA" range in length from 51 million to 245 million base pairs of atoms. At actual size, an average human cell chromosome totals up to 3 meters long and a few angstroms (10 to minus 10 meters) wide, made of two very long strings (strands) of atoms linked together as pairs. The longest known molecule.

To replicate, each double helix has to unwind and separate in two strands and and each strand of course has to stay in one piece. Each strand then acts as a template for a new strand or its new pair that needs to be packed back together. But at least at a certain moment when it is unpacked, it should be indeed an "unimaginable tangle".

And who or what is doing the job of unpacking/packing, scaffolding, etc..?

If you take a look at the picture below you'll see the 5 levels of winding or packaging of the DNA. At least at three different levels the DNA is packed with different types of "fiber".

Chromosomes are visible under microscope. Here is a video showing the very moment of the separation of the chromosomes during the mitosis (dividing) of one cell.

However no unpacking, unwinding/rewinding etc. of the double helix strands is apparent. They appear to separate like they were in the final stage from the picture above. According to the current theory the video basically shows each chromosome as a clew separating into two without any unwinding.

This video (animation) catches and earlier phase, "condensation" but still no replication. Condensation appears to be the last level of packaging as in the image above.

Dapâi aceala-i gratis...!

În primăvara lui 97 lucram la Epson, Portland, ca asamblor de imprimante pe o linie cu mexicani, asiatici, arabi şi vecina mea de linie, o irlandeză de vreo 20 ani, Holly, frumoasă cât poate cineva să fie de frumoasă. De mă uitam la ea numai cu coada ochiului drept (era în dreapta, pe Michelle de la Ryles Center o ţin minte în coada ochiului stâng). (Normal, nevastă-mea lucra pe altă linie în spatele meu). În schimbul doi, în 8 ore, într-o noapte, am asamblat în 25 oameni 521 imprimante, cam dublu cât făceau celelalte linii, în tot atâta timp şi tot atâţia oameni şi cei de la Epson ne-au spus că a fost record mondial şi ne-au menţionat într-un pliant.

Holly odată m-a întrebat dacă ştiu ce este ura. M-am uitat blocat la ea şi nu am îneles atunci ce vroia. Era blondă, frumoasă, 20 ani şi avea un Ford mai mic, nou, albastru, şi nu prea înţelegeam ce ura ea în lumea asta. Altă dată mi-a spus că stă în apartament cu o româncă care şi-a pus diamante pe toţi dinţii. În altă zi m-a întrebat ce cred despre nazişti şi atunci am înţeles.

Îmi amintesc alte două chestii de acolo, ba nu, trei, un panou cu istoria firmelor de profil electronic din Portland, printre care Electronic Specialty, înfiinţată în 1946, că bucătăreasa a dispărut la un moment dat şi am auzit că a avut un accident (După aceea, în altă zi când săteam toţi din schimb în sala de mese şi aşteptam să intrăm în schimb, am auzit un buf, şi a fost un accident în intersecţie şi după aia au instalat semafor şi acolo pe strada ...Evergreen!) (îmi amintesc ce îmi spunea Mladin despre cum pun americanii semafoare, după trei accidente la o intersecţie) (îmi amintesc acum o ştire recentă asemănătoare).

Epson avea un fel de training de o săptămână înainte de a începe să lucrezi, timp în care erai plătit ca şi cum ai lucra. Eram într-o grupă cu nişte vietnamezi, ţin minte că la o oră a venit profesoara cu nişte baloane albe, mai mult lungi, ne-a pus să le umflăm fiecare şi ne-a învățat să ne frecăm pe păr cu ele după care se lipeau de perete. Am luat şi eu balonul meu acasă şi l-am lipit pe perete şi a stat şi s-a dezumflat, în fiecare zi era puţin mai jos şi când a căzut am mers la spital deci a stat luni de zile lipit pe perete).

La Epson era funny să lucrezi. Eram la postul 9. Puneam 4 şuruburi cu o şurubelniţă electrică ce atârna de sus pe un cablu cu arc şi alte 5 piese, din care una sau două roţi dinţate, în mai puţin de un minut. Era cea mai grea staţie. Pe alţii îi mai roteau de la o staţie la altă (pe toţi) dar nu şi pe mine. La roata aia dinţată din stânga era o şmecherie, dar cu mintea mea de inginer mecanic am descoperit un clic care nu se auzea dar îl simțeam ca şi confirmare că e pusă bine.

Şi venea supervizorul, Salvador Solorio cred, un mexican mult mai tânăr ca mine, brunet, cu nevastă-sa şi mai brunetă care era responsabilă cu calitatea aproape zilnic şi se uitau la mine câte 10 minute în şir cum pun piesele şi le verificau şi plecau îmbufnaţi. El stătea în dreapta mea, punea mâna pe banda rulantă ca să se "sprijine" şi între degetul mare şi arătătorul mânii drepte avea tatuată o zvastică, cam de 2 cm şi avea grijă să o văd când se sprijinea acolo aşa, la mişto, şi mai vorbea cu mine iar ea în stânga se uita în special la roata aia dinţată, punea mâna pe ea (eu lucram cu degetare de cauciu) şi o verifica de fiecare dată şi nu înţelegea cum o pun aşa repede şi nu greşesc.

Odată unul din portari, un tip ras în cap, m-a întrebat de unde sunt şi eu i-am zis că din România, şi m-a întrebat dacă România e ţara din care vin toţi ţiganii, iar eu i-am zis că nu, vin din Egipt, fiindcă gypsy în Engleză este o prescurtare de la Egyptian (tocmai văzusem o emisiune nu mai ştiu la Discovery sau History channel). (Un exemplu de pseudoetimologie).

Epson plătea parte sau totul nu-mi aduc aminte, până la 2000 pe an cred, cursuri. Deci am zis că ia să profit şi eu şi m-am înscris la un curs de AutoCad la PCC, 3 credite, şi am fost repartizat cred, la Sylvania Campus, (aproape de unde locuiesc acum într-o zonă unde văd tot timpul femei cu costum musulman pe stradă.) Aveam şi atunci probleme de congestie nazală şi mi se făcea tot timpul rău în timpul cursului şi nu ştiam de ce, apărea-dispărea, şi am luat notă maximă la toate testele. (Îmi amintesc ce mişto predau aici profesorii, era un profesor armean, dar cred că nu numai el preda aşa, tâmpit să fii şi tot înţelegi, nu cum a fost când eram la facultate în România). Dar cu o zi înainte de ultima zi au venit la noi la apartament şi au pus pe lângă copaci nişte lemn compostat şi mi s-a făcut rău şi nu m-am mai putut duce la verificarea finală. Cred că şi chestia aia a contribuit la îmbolnăvirea mea. Mi-a venit factura de la curs cred că după ce am plecat de la Epson aşa că am plătit-o eu cred, ceva puţin sub 300 dolari.

(Chestia cu congestia nazală a descoperit-o o asistentă la care mergeam prin 2006 cred, care avea cabinet şi lucra ca doctoriţă (nurse practitioner). Eu mergeam când mi se făcea rău la ea, de 2-3 ori pe săptămână. S-a uitat ea odată cu lupa în nas şi a văzut că am membrana aia dilatată şi mi-a dat un decongestant, problema e că pe el scria să nu-l foloseşti mai mult de 2-3 zile iar eu l-am folosit 2 ani la rând (altă poveste cum m-am lăsat de el).

După cinci luni de recorduri la Epson, într-o zi mă sună Veronica Mârţ din Salem atunci. Îmi spune că dacă tot am fost de atâtea ori pe Mount Hood, de ce să nu merge eu odată şi la Mt.St.Helens. Stăteam eu aşa şi mă gândeam chiar de ce şi deodată am simţit că am ceva în urechea dreaptă parcă. M-am dus la oglindă în baie şi am descoperit un dop de ceară (de fapt era păr îmbâcsit cu ceară până aproape la suprafaţă) în urechea dreaptă. Am rămas blocat, eu ascultam muzică tot timpul, îmi amintesc în jur de 10 Martie am fost la ziua lui Iulian Mârţ (la amândoi adică) la Salem şi aveau un boombox şi eu ştiam că el nu se pricepe la muzică şi cumpărasem eu un CD cu Tina Turner, Simply The Best, iar el avea o melodie din România cu fetele de la Căpâlna după care am dormit acolo. Mai era la el şi Nae Croitoru, fostul nostru coleg de la IMU Bacău, acum în Vancouver, CA. Deci am fost la o doctoriţă şi mi-a smuls chestia din ureche cu o pensetă, avea vreo 2 cm lungime, mi-a zis că o să mă doară puţin dar alternativa e să introducă apă caldă şi e mai naşpa. După aceea am început să nu pot dormi, am intrat într-o fază, după vreo câteva zile am lăsat job-ul, normal l-a lăsat şi nevastă-mea, că ea nu conducea, iar fără maşină pe aici e cam imposibil să faci un job la 20 km distanţă,  pe atunci nu ştiam ce se întâmplă, eram paranoic, conduceam noaptea aiurea pe străzi, mă temeam să merg acasă, să mănânc, să dorm şi să beau apă şi aveam toba de eşapament spartă şi îmi închipui că mă auzeau toţi prin Beaverton şi şi într-o seară aşa nedormit ne-am dus acasă la domnul Mladin.

Şi el cam râdea de mine şi mi-a zis o povestioară le la mine din Bucovina. Cum a fost el ”la Cârlibaba, unde se întâlneşte Bistriţa cu Bistriţa aurie” şi a stat la un ţăran care i-a luat cam mult pentru nişte cartofi fierţi după care i-a adus şi nişte unt. Când l-a întrebat domnul Mladin cât pentru unt, ţăranul i-a zis, cu un accent veritabil, bucovinesc: ”dapâi aceala-i gratis...!”

Povestea e mult mai lungă, cam după o săptămână fără somn, mâncare sau apă şi multe plimbări pe la urgenţe am fost internat în sfârşit la Pacific Gateway, un spital psihiatric specializat pentru dependenţii de droguri, acum cam înţeleg de ce, unde m-au reînvăţat ăia să dorm, cam în două săptămâni.

Îmi amintesc înainte de a merge la Gateway am fost şi pe la Emanuel în downtown Portland şi stăteam la urgenţe aşezat pe marginea patului şi dădeam să adorm, dar nu puteam din cauza durerilor de stomac, tresăream, mă trezeam, iar aţipeam, iar tresăream, iar mă trezeam. Deci m-au pus într-un taxi şi m-au trimis la Pacific Gateway. Nu perfuzie nu nimic. Total dezhidratat.

Spitalul a fost închis după un an, când într-o duminică asistentele rămase au chemat poliţia fiindcă nu ştiau ce să facă cu un bolnav mexican care le ameninţa cu un pix, şi au venit, şi l-au împuşcat doi poliţişti, un glonte în cap şi unul în inimă.

ŞI a fost dărâmat acu câţiva ani buni, prin 2007 cred şi un dezvoltator a făcut nişte case pe terenul acela. Singura clădire rămasă este asta unde erau birourile dar acum sunt alte cabinete medicale acolo.

Acolo s-au întâmplat multe, ţin minte noaptea nu puteam dormi şi mă uitam la copacii ăia de pe stradă, aveam aproape în fiecare zi alt vecin de cameră (erau două paturi) care sforăiau sau respirau cu zgomot, ceea ce mă antrena şi pe mine să respir normal şi adormeam; după vreo săptămână, mi-au dat o carte cu boli psihiatrice şi mi-au cerut (bine, la mişto) să-mi pun diagnosticul singur şi mi se părea că am toate bolile din carte şi ei râdeau de mine. Unul din simptome era că respiram foarte greu şi nu ştiam dar aveam o simplă congestie nazală, care a trecut, parţial, după câteva zile, ca efect secundar de la ranitidină, care mi-au dat-o pentru dureri de stomac, ranitidina avea un uşor efect antihistaminic.

Nu am să uit niciodată, pe un perete era o reproducere foarte mişto după una din serigrafiile lui Thomas McKnight, cu o piscină, un peşte, un trident, nişte ochelari subacvatici în formă de infint cu o ieşire şi oceanul, şi pe tablou era cu litere mari de o şcioapă, jos, numele firmei care l-a tipărit, CHALK AND VERMILLION, NY. LOL, numele lucrării este CRESCENT Bay! De câte ori vedeam combinaţia chalk and vermillion în mintea mea apărea altă combinaţie, choke viermele Ion, pentru că tot timpul simţeam că mă sufoc de la acea congestie nazală. (Pe marginea tabloului de mai jos nu scrie CHALK AND VERMILLION, fiindcă am impresia că e fotografia unei serigrafii din seria originală, nu reproducea firmei CHALK AND VERMILLION, NY.) La vreo două săptâmâni după ce am ieşti din spital l-am cunoscut pe Shawn Robert Parker.

I Am Not Spock!

Leonard Nimoy, an actor not without charm (actually he's one of my favorites, it's only logical...) made lots of money while convincing some people there are aliens and he he was one of them. Then, "bothered" by those people to whom he had to explain too many times he was not, we made some money writing a book called: "I Am Not Spock!" Actually i don't want to google this right now to verify, i hope i am remembering right.

The French even have some words for what he's done, selling himself à la hausse et à la baisse.

Take a Bow